A solução é um pouco dolorosa, mas pelo menos eu recuperei tudo e corri de novo. Aqui está o que eu tive que fazer:
- Executar
akonadictl stop
para parar o akonadi - Remover tudo em
~/.local/share/akonadi
- Remover tudo em
~/.config/akonadi
- Reinicie o akonadi
Depois de reiniciar o akonadi, levou 15 minutos para sincronizar novamente tudo. No entanto, o uso da CPU durante a sincronização foi de cerca de 40% por daemon, muito melhor do que 100%.