O menu de aplicativos de inicialização mostra apenas uma pequena seleção dos aplicativos de inicialização automática por padrão. Veja aqui uma maneira de exibir todas as entradas, incluindo as ocultas: Como faço para adicionar / remover os aplicativos de inicialização "ocultos"?
Após reconfigurar a visibilidade do seu aplicativo de inicialização, você poderá ver uma entrada do Ubuntu One. Você pode prosseguir e desativá-lo para interromper o início do serviço de Sincronização U1.
Isso não removerá a entrada do menu de mensagens do Ubuntu One. Siga este guia para removê-lo: Como posso remover o "Set Up Mail" e outras entradas do indicador de mensagem?
Ou se você optar por remover completamente o U1, siga a resposta nr. 1 neste post: Remover o ubuntu um do indicador de mensagens