Acho que isso pode ser feito:
find /home \( -name "*.html" -o -name "*.php" \) -exec sed -i.bak 's/<script.*PaBUTyjaZYg.*script>//g' \{\} \;
Do comentário "para deletar todos os arquivos tem números em seu nome e extensão .php"
find /home -name "*[0-9]*.php" -exec rm \{\} \;
Mas primeiro, execute-o com echo em vez de rm, para garantir que você não exclua algo que não deseja excluir.