Tente reiniciar os serviços. É possível que algo tenha aberto um arquivo em / var quando você apagou (rm desvincula as coisas, ele). O sistema não liberará o espaço até que tudo feche suas alças de arquivo para esse arquivo.
Você pode precisar usar lsof para descobrir qual programa ainda tem os arquivos abertos em / var.
Como é / var, eu acho que algo ainda tem um arquivo de log aberto.