Lembre-se de que a VPN deve fazer mais do que apenas transferir arquivos. Quando usada corretamente, ela também fornece um acesso mais seguro aos recursos ... o ftp padrão seria um grande não-não - você ainda precisaria envolvê-lo um túnel criptografado de algum tipo - seja algum VPN ou outro híbrido como o sftp e assim por diante.
Isso soa mais como um caso para serviços de terminal (Serviços de Área de Trabalho Remota ou / e Citrix), se você realmente quer acelerar coisas como essa - simplesmente negando a necessidade de transferir os arquivos para começar! ^^
Ou você pode fazer com que os usuários usem pastas off-line para sincronizar pastas importantes - embora seja muito irritante até que o Vista seja lançado, então se os usuários não estiverem executando o Vista, não tenho certeza se seria divertido administrá-lo.
Sharepoint e HTTPS (ou qualquer VPN SSL) provavelmente seriam uma versão melhor da idéia de ftp, embora eu não goste muito do Sharepoint ...