É como perguntar se há um tipo de carro preferido para dirigir pelo país. É tudo sobre sua preferência (gosto do gentoo pessoalmente). Escolha o que você conhece melhor. Se você não conhece nenhum deles, eu posso usar o Ubuntu para sua grande base de suporte.
Gostaria de acrescentar que você deve ler sobre como proteger o servidor, porque com um VPS inteiro, você tem uma grande superfície de ataque que você é responsável por manter fechado.