O tempo passa e parece que agora
letsencrypt-auto certonly --standalone
agora funciona como esperado
O README.rst fornecido como parte do repositório do git que você faz referência em sua pergunta tem a dizer
- nginx/0.8.48+ (highly experimental, not included in letsencrypt-auto)
É ... é isso.
Manuais de leitura de Iain como um serviço (RMAAS) em seu serviço erm ...