O que você está descrevendo não é um problema técnico - é um problema de gerenciamento / política.
As organizações pequenas geralmente não têm políticas de TI documentadas e "voam pelo assento de suas calças".
As grandes organizações geralmente não têm políticas de TI documentadas e "voam pelo assento de suas calças" também. > sorriso <
Você precisa de uma política que descreva o uso aceitável do armazenamento do servidor, a aceitação do gerenciamento nessa política e, em seguida, comece a aplicá-la. Isso funciona em qualquer tipo de organização, pequena ou grande. Depois de ter uma política, você pode trazer soluções técnicas para suportar (excluir à vista, forçar os usuários a armazená-las localmente, etc.).
Outra técnica usada em organizações maiores é o uso de recursos de computação / armazenamento para departamentos de "back bill". Isso geralmente não faz sentido em uma pequena organização, mas pode colocar o problema do uso excessivo de capacidade de computação / armazenamento nas mãos de gerentes de departamento que podem fazer algo a respeito, impactando seus orçamentos.
Editar:
Eu mencionaria que ter uma política documentada também é importante do ponto de vista da conformidade legal. Não sou advogado, por isso não estou lhe dando conselhos jurídicos, mas recomendo que você discuta com o advogado de sua empresa as possíveis vantagens legais proporcionadas por uma política documentada de responsabilidade corporativa por violação de direitos autorais que seus usuários possam cometer. Os tipos de arquivos dos quais você está falando, em muitos casos, contêm material protegido por direitos autorais que os usuários podem usar de maneira infratora.