Não é a solução limpa que você está procurando, mas você pode criar um ícone cheio de transparência.
Ele alcançaria o objetivo de layout / recuo consistente. Usar a transparência também o tornaria portátil entre os temas.
Como você adiciona uma pequena margem para o espaço do ícone ao lado de itens de menu no menu da barra Unity? Eu estou tentando fazer itens de menu aparecem alinhados de forma mais consistente quando há dois itens de menu com / sem ícone no menu. Eu estou falando sobre isso
Eu estou supondo que isso leva apenas algumas linhas de mudanças em unity.css em /gtk-3.0/apps, mas não sei o que mudar lá. Este é o tema padrão do Ambience.
Não é a solução limpa que você está procurando, mas você pode criar um ícone cheio de transparência.
Ele alcançaria o objetivo de layout / recuo consistente. Usar a transparência também o tornaria portátil entre os temas.