Estou usando 12.04 com gráficos Intel HD 4000 e um kernel padrão (3.2.0-29-generic) e não percebi esses problemas. Eu também tenho outra partição que é o Xubuntu 12.04 e tem um kernel da família 3.4.x compilado sob encomenda, que também não vê este problema.
Os kernels 3.5.xe 3.6.x são conhecidos por introduzir uma série de recursos mais experimentais e não testados para os novos chipsets Intel HD 4000. Como tal, não me surpreenderia se o seu problema estivesse relacionado a um erro em uma dessas introduções.
Eu sugeriria testar um kernel mais estável (família 3.2.x ou 3.4.x) e ver se o problema desaparece. Se isso acontecer, você pode arquivar um bug no kernel 3.5.0-10 na barra de ativação (e potencialmente também no upstream) .