A criptografia "Whole Disk" é um pouco enganosa de certa forma - em uma implementação de software pura, como o SafeBoot, deve sempre haver um MBR não criptografado e alguma forma de Autenticação de pré-inicialização dentro de uma partição não criptografada no disco. Uma melhor descrição técnica seria a criptografia "Partição Total" - embora isso não atraísse os tipos de gerenciamento que não precisam para saber a diferença!
Se você apagar todas as partições do disco, reparticionar e reformatar, você efetivamente apagará o PBA e todos os dados na partição do sistema operacional. Você perderá todos os dados (como em qualquer outra operação de reformatação), mas poderá converter o disco novamente em um estado não criptografado.