Para algum contexto:
O motivo pelo qual você normalmente obtém um dispositivo NAS é obter algo que sirva para armazenamento e "apenas funcione". É claro que você precisa fazer uma configuração inicial, mas depois disso, você praticamente deixa de fazê-lo sozinho até que uma unidade falhe ou haja uma atualização crítica do firmware. Para um servidor de arquivos do Windows, você precisará fazer manutenção regular (patch, etc.).
Os dispositivos NAS também podem oferecer excelente desempenho e recursos interessantes, como hot-swap / hot-add de unidades. Eles também lidarão com a criação de seus volumes RAID para você com um pequeno esforço de sua parte.
Você pode unir a maioria dos NASs aos domínios corporativos, portanto, a autenticação adicional não é um problema.
Para o seu cenário específico:
Se você já possui o servidor de arquivos do Windows (hardware e licenciamento), então você é muito bom para ir. Deve funcionar bem para as suas necessidades e não há razão para substituí-lo por um NAS. Minha única pergunta seria, pelo menos, ter um RAID1 para a unidade de armazenamento? Eu recomendaria que, além dos backups, você economizaria problemas a longo prazo.
NO ENTANTO - Se você não já é proprietário do servidor, então vale a pena observar as unidades NAS de nível SMB. Você pode obter um NAS de 4 discos de boa qualidade para MUITO mais barato que um novo servidor + licenciamento. ($ 1000 ou mais). A única questão principal aqui seria se a sua solução de backup específica funcionasse bem se fosse feito backup de um destino remoto (você não conseguirá instalar um cliente de backup diretamente no NAS).
Você mencionou o FreeNAS - que e o Openfiler são opções viáveis para o seu cenário. Eu construí uma caixa Openfiler usada para um cenário semelhante ao seu e funciona bem. Eu era capaz de ingressar em um domínio baseado em AD e funciona bem. Se você estiver confortável construindo uma plataforma a partir do zero, esse método será barato e eficaz, mas lembre-se de que você está pronto para reparos de hardware.