Você tem algumas opções. Você pode:
1) Defina a fastcgi_param
de PHP_VALUE
como a configuração relevante na configuração nginx: fastcgi_param PHP_VALUE "memory_limit = 128M"
2) Defina-o por meio da configuração php_value
no arquivo de configuração do pool do FPM. Algo como php_value[memory_limit] = 128M
. Use php_admin_value
se você não quiser que a configuração seja substituível por ini_set
.