Depende do tipo de atividade de rede que você está fazendo.
Eu gostaria de configurar um teste usando as tarefas típicas que seus usuários farão e ver quanto tempo cada um deles executa usando um cronômetro.
Existem outras maneiras, como copiar um arquivo grande e sincronizá-lo, mas se os usuários não copiarem arquivos massivos, isso não importa.
Dito isso, suspeito que o desempenho dependerá não dos recursos de rede da plataforma, mas dos aplicativos. Por exemplo, se a versão do Windows de um aplicativo específico for mais tagarela ou menos otimizada, ela poderá parecer mais lenta do que a versão do Linux.
De um modo geral, gostaria de ir com a plataforma que é mais incentivada pelo fornecedor do aplicativo. Há pistas para isso, como o ritmo das atualizações em uma plataforma ou outra, ou você pode simplesmente ligar para o suporte técnico (se tiver) ou postar uma mensagem no fórum para esse aplicativo, perguntando qual é a plataforma dominante para o aplicativo.