O shebang está correto, pois #! / bin / sh e #! / bin / bash podem ser usados *, no entanto, IIRC, você deve usar pipes não redirecionados para logger, pois é um programa e não um arquivo.
Experimente este script:
#!/bin/sh
ntpd -qnp pool.ntp.org 2>&1 |logger
* Se você usar #! / bin / sh para seus scripts, eles devem ser compatíveis com posix, ou seja, executar bem em solaris e AIX. Se alguma vez você usar alguns recursos específicos do bash, #! / Bin / bash devem ser usados porque não há mais portabilidade.