Você só precisa da resolução de DNS para o próprio nome de domínio do AD, não para zonas específicas ou RRs nas zonas. Você precisa isolar o problema para um problema de resolução de nomes (DNS) ou para um problema de comunicação (firewall).
Em vez de usar arquivos host, a configuração recomendada é configurar encaminhadores condicionais para cada domínio nos servidores DNS do domínio oposto (o servidor DNS A no domínio A tem um encaminhador condicional para o servidor DNS B para o domínio B).
De cada domínio, execute nslookup e consulte o outro domínio (domain.tld). O Nslookup deve retornar os endereços IP IPv4 e IPv6 para os servidores DNS desse domínio (que provavelmente também são os DCs desse domínio, a menos que você tenha separado a função DNS dos DCs). Se o nslookup funcionar, então a resolução do DNS está OK e você deve olhar para o firewall como o provável culpado.