Até onde sei, não há como fazer isso a partir da GUI, então você terá que usar a linha de comando. Existe um comando que fará o que você deseja, ec2-import-instance .
Creates a new import instance task using metadata from the specified disk image, and imports the image to Amazon EC2.
Depois de ter as ferramentas CLI até o ponto em que elas realmente funcionam, você pode usar um comando como:
ec2-import-instance M:\VHD\YourServer-disk1.vhd -f VHD -b AWSBuckkit -o [bucket onner access ID] -w [bucket owner secret key]
A Amazon tem uma página descrevendo as formas de importar máquinas virtuais estrangeiras para o seu formato:
link
Espero que o "Exportar do Microsoft Hyper-V" seja mais relevante para você.
Quanto à configuração da CLI, em primeiro lugar, eles têm um guia para isso também . As ferramentas exigem que o Java e o GPG funcionem e, infelizmente, assumem um host Linux. Eles possuem versões do Windows das ferramentas.