Você está usando uma distribuição em particular? Em distribuições baseadas no Debian, seria tão simples quanto ajustar /etc/default/rcS
e definir FSCKFIX
como sim.
Se você quiser forçar um fsck completo após cada inicialização, você pode simplesmente criar um arquivo vazio chamado /forcefsck
. Embora eu não sugira que você realmente faça isso.