As instâncias do EC2 não podem ser inicializadas no modo de segurança.
Qual é a saída do ec2 -get-console-output para essa instância? Ele pode conter pistas sobre o que está impedindo que a instância seja inicializada corretamente.
Se esta for uma instância suportada pelo EBS, você poderá "parar" a instância, separar o volume do EBS raiz dela, anexar o volume do EBS raiz a outra instância e fazer alterações no conteúdo, em seguida, reconectá-lo ao a instância original e "iniciar" a execução novamente.
Se esta é uma instância de loja de instâncias, então você está sem sorte - não há como entrar e consertar um desses filhotes de cachorro.