O problema com a implementação do rgba atualmente está nos aplicativos que são executados na biblioteca gtk +. No entanto, com a mudança para o gtk + 3, é provável que o Ubuntu herde este recurso como uma opção padrão.
Me desculpe, eu não tenho um link para a mão, mas o recurso não foi descartado, apenas prejudicado.
EDIT: Aqui é um link que indica a possibilidade de rgba como uma característica do gtk3 (que o Ubuntu usa a partir de 11.10).