SquashFS é o mecanismo subjacente usado nos LiveCDs. Existem outros, mas todos eles representam uma sobreposição. O que você quer fazer é estudar os LiveCDs para ver como eles montam a raiz na parte superior do CD (somente leitura) e um sistema de arquivos RAM (facilmente descartável) ou colocar em um arquivo de dispositivo de loopback em uma unidade local (não volátil). ).
O que eu acho que você quer fazer é criar um arquivo local para o squash e excluí-lo como a última etapa de um desligamento ou o primeiro passo de uma inicialização. Limpeza automática é necessária. Então vocês podem distribuir uma imagem da máquina base com atualizações periódicas.
Ah, e antes que você tenha ideias brilhantes, múltiplas sobreposições podem ser possíveis, mas são strongmente desencorajadas devido a algumas complicações desagradáveis do VFS.
Naturalmente, você pode criar arquivos de loopback em uma unidade local para diretórios base, como se fossem diretórios pessoais criptografados, o que pode facilitar o backup para a mídia externa.