Claro, você pode fazer isso. Eu começaria pequeno , e escreveria módulos de fantoches para cobrir um bit do sistema de cada vez. Teste isso, depois passe para o próximo.
Mais idealmente, você pode tentar replicar seu sistema existente em um novo servidor. Então, você estará em muito melhor forma.
Como regra geral, você nunca quer ter um sistema em que ninguém saiba o que está lá ou como chegou lá.