Quando seu e-mail parar de chegar amanhã, você saberá que não era seguro ignorar esse aviso.
O CNAME substitui todos outros registros de recursos, portanto, ele substitui o registro SOA, os registros MX e quaisquer outros registros que você possa ter definido para a zona. É por isso que é strongmente recomendado contra. (E por que os provedores recomendam que você não use o domínio nu em preferência a www.)
Se você está no Route 53, eles têm uma solução alternativa para fazer esse "trabalho" (embora seja feio e desagradável nos bastidores). Parece que CloudFlare tem o mesmo tipo de solução no lugar. Provavelmente é igualmente desagradável, mas você deve ser capaz de fazer isso.