Existem prós e contras em qualquer uma das opções. Eu realmente não sugiro também ... mas vamos chegar a esse ponto.
O Wubi é muito próximo de uma instalação real, com acesso real ao hardware, mas como é um arquivo de imagem dentro de um sistema de arquivos real, ele pode ficar corrompido no momento.
As VMs são confiáveis e fazem snapshots, mas não há nada que impeça os seus filhos de mudar para o Windows e você não tem acesso a coisas como a placa gráfica.
Eu sugeriria uma instalação USB - da qual existem dois tipos - o unetbootin lhe dará uma plataforma agnóstica liveusb, com uma porção persistente para mudanças. Uma instalação completa do Ubuntu também pode ser feita para um liveusb adequadamente configurado. Ambas as opções oferecem uma instalação razoavelmente rápida do Ubuntu que pode ser configurada para deixar o disco rígido principal sozinho
Há algumas coisas que eu faria com qualquer instalação - Não dê às crianças a senha do usuário administrador (ou seja, a senha que você usa com o sudo), para que elas não possam instalar ou quebrar nada. Dê a eles uma conta individual por criança (e, como eles são contas limitadas, você pode definir que eles não podem quebrar nada) ou, melhor ainda, um thumbdrive pessoal com o ambiente configurado para eles. Periodicamente imagem toda a unidade USB (eu uso usb gravador de imagem no Windows um pouco. Dd faria o truque no linux) ou copie as partes persistentes da instalação.
Eu notaria pessoalmente, enquanto eu recomendo contas limitadas (em qualquer sistema operacional!), qualquer garoto que invadir a conta de administrador ganhou isso; p.