Clicar na roda de rolagem não funciona em um mouse de dois botões =)
O recurso que você está querendo é chamado de "emulação do botão do meio" e não está habilitado para uso desde o Ubuntu 11.04 (não tenho certeza).
O método mais fácil do IMO é instalar gpointing-device-settings
sudo apt-get install gpointing-device-settings
Você então usa a emulação de roda
Existe uma discussão mais longa sobre este relatório de bug se você deseja editar manualmente o xorg.conf