Sua pergunta é bem vaga, então use qualquer coisa que você tenha conhecimento. Se o seu pessoal conhece o Hyper-V, use-o, se ele souber usar o VMware.
As probabilidades são de que sua universidade já esteja executando o Active Directory, os produtos do System Center e o Configuration Manager em produção, para que haja um conhecimento institucional da Microsoft.
As licenças do Server 2012 Datacenter para a Academia são muito baratas, por isso há um strong incentivo financeiro para executar o MS e não ter que comprar licenças adicionais para cada VM que você gere.
Como eu disse no meu comentário, nem as licenças do Dreamspark nem do programa VMware Academic podem ser usadas para ambientes de produção. Você ainda precisará comprar licenças MS para seus servidores de produção, mas elas são muito baratas.
Para a Academia O licenciamento da Microsoft é significativamente mais barato que as licenças da VMware, especialmente porque você também precisa desembolsar grandes somas para o VMware Support & Manutenção se você quiser ter acesso às atualizações de versão do VMware.