Você pode adicionar alguns scripts de inicialização: Abaixo está o básico do que eu usaria
#!/bin/bash
# chkconfig 2345 35 80
# Description: one line description
# I'd also insert a longer description of the
# scripts here.
# set any environment variables that might be needed here, too.
su - <target_user> /path/to/php /mypath/startupscript &
De acordo com o menor privilégio, você desejará substituir pelo usuário que deseja que o script seja executado. Se você quer que seja root, então seu interpretador php precisará ser setUID e pertencer a root, mas você pode remover "su -" inteiramente.