Se o seu diretório virtual é um aplicativo ASP.NET separado, você poderia colocar um arquivo HTML com o nome
app_offline.htm
na pasta à qual o diretório virtual está associado. O arquivo deve ter um comprimento mínimo de 512 bytes e deve conter o HTML que você deseja exibir para os visitantes do seu site.
Isso fará com que cada solicitação para esse aplicativo mostre a página app_offline.htm. Veja esta postagem no blog (Scott Guthrie).