Ao atualizar o Apache de 2.2 para 2.4, os links de arquivos em sites habilitados devem terminar com .conf, onde no passado eles não precisavam de uma extensão de arquivo específica.
Se o nome do arquivo de configuração do site em sites-available não tiver uma extensão .conf, convém renomeá-lo e, em seguida, executar: a2ensite filename para adicioná-lo aos sites habilitados.
Exemplo, se o seu arquivo de configuração do site for chamado MySite:
cd /etc/apache2
rm sites-enabled/MySite
cd sites-available
mv MySite MySite.conf
a2ensite MySite
apache2ctl configtest
apache2ctl restart
Portanto, o problema acima foi devido à configuração do meu site não ter sido atendida quando o serviço Apache2 foi iniciado.