matlab.desktop
do arquivo que você baixou e colocou em /usr/share/applications/
diz:
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Type=Application
Icon=/usr/share/icons/matlab.png
Name=MATLAB R2011a
Comment=Start MATLAB - The Language of Technical Computing
Exec=matlab -desktop
Categories=Development;
Acho que você deve alterar a linha Exec
com sua pasta de instalação.