Não tenho conhecimento de problemas com a versão de 64 bits.
É uma CPU de 64 bits, então eu definitivamente rodaria 64 bits. Eu tenho em centenas de servidores com 64 bits CentOS e nunca experimentou quaisquer problemas estranhos relacionados ao fato de que é um sistema operacional de 64 bits.
Além disso, você não pode alocar mais de 4 GB de RAM com 32 bits.
Então, para resumir; vá para 64 bits.