O que está sendo executado como "apache" é o processo de trabalho. O que está rodando como "root" é o processo mestre. Isso é completamente normal.
O processo mestre gerará os funcionários conforme necessário (com quaisquer restrições especificadas no arquivo de configuração) para manipular o tráfego de entrada. Normalmente, ele precisará ser root para se vincular às portas baixas 80 e 443. Depois de vincular, ele descartará privilégios para o usuário do apache.
Os trabalhadores serão colhidos de tempos em tempos. O processo de longa duração é aquele executado como root. Se você olhar para o httpd.conf, verá um bloco parecido com:
StartServers 1
MinSpareServers 1
MaxSpareServers 5
ServerLimit 256
MaxClients 256
MaxRequestsPerChild 4000
Assim, o processo mestre gerará um trabalhador neste exemplo na inicialização. Se houver mais tráfego, isso gerará mais trabalhadores. Quando os trabalhadores atenderem a 4.000 solicitações, o trabalhador morrerá e o processo mestre poderá gerar novos processos de trabalho, dependendo do tráfego.