Você tem duas opções: remover o gnome de forma completa ou reinstalar as partes ausentes.
Para remover o gnome, você precisará saber o que resta dele no seu sistema (geralmente apt-get autoremove
cuidará disso).
A reinstalação do gnome requer apenas apt-get install gnome3
. Isso irá reinstalar tudo o que for necessário para que o gnome volte a funcionar.
Nota: o gnome3 é um meta-pacote, isto é feito para facilitar a instalação do gnome. Isso infelizmente também significa que se você remover partes dele, vai pensar que você quer remover todo o gnome, então usando o gnome você tem uma tonelada de coisas que você nunca vai usar ou você não usa o gnome. Infelizmente não há caminho do meio. (Na verdade existe, mas é uma grande dor.)