Se você quer que tanto "server.com.au" quanto "www.server.com.au" funcionem, então ambos os hosts precisam ter a configuração dos registros DNS.
Você pode:
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dê a ambos um registro A, apontando para o mesmo endereço IP
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dê ao server.com.au um registro A, apontando para o endereço IP do seu servidor, e dê um CNAME ao www.server.com.au, apontando para server.com.au.
Eu suspeito que a primeira abordagem é mais fácil, porque você já tem uma configuração de registro A para www.server.com.au.
Como sugeri em um comentário, você não quer usar um CNAME no registro "server.com.au". Isso viola a especificação e, embora possa parecer que funciona, pode fazer coisas imprevisíveis. Muito melhor ficar longe de colocar um CNAME em "server.com.au" inteiramente.
Uma vez que você esteja trabalhando, você precisa ter certeza de que o apache saiba sobre ambos os nomes - o que já foi coberto pela discussão em torno das diretivas ServerAlias e ServerName.