Sei que você já aceitou uma resposta, mas aqui está uma versão da VBS para você também (porque sei que você estava procurando por isso):
Const HKEY_CURRENT_USER = &H80000001
strComputer = "."
Set Shell = CreateObject("WScript.Shell")
Set objRegistry = GetObject ("winmgmts:\" & strComputer & "\root\default:StdRegProv")
strKeyPath = "Control Panel\Mouse"
strValueName = "SwapMouseButtons"
strValue = "1"
objRegistry.SetStringValue HKEY_CURRENT_USER, strKeyPath, strValueName, strValue
Esteja ciente de que essas configurações não terão efeito até a próxima vez que o usuário fizer login (depois de ter sido aplicado), e também esteja ciente de que coisas como MouseWare e SetPoint da Logitech frequentemente mudam essa configuração do registro (até você o define no software específico do mouse) depois de carregar após o logon.