Sim, você deveria! Usando a edição amd64 do Ubuntu, você poderá usar toda a largura de banda do seu processador e do barramento do sistema. Se você precisa rodar um software de 32 bits em uma instalação de 64 bits do Ubuntu, as coisas ficam mais fáceis agora que o 12.04 suporta multi-arch.
Boa sorte!