Se você tiver acesso à caixa de metal, eu recomendo o ESXi (VMWare, Free) e coloque o Windows em um host e o Linux no outro. Isso lhe dará o melhor desempenho.
Se você tiver acesso somente ao sistema operacional Windows, mas puder instalar o software nele, será necessário usar o VMWare Server 2.0 (VMWare, Free). Ele será executado como um serviço do Windows e seu sistema operacional Linux poderá ser executado isto. O desempenho não será tão bom, mas essa é sua única opção se você não tiver acesso ao bare metal.
Outras opções são o Virtual PC (Microsoft, Free), mas não é um serviço. O Virtual Server (Mircosoft, Free) funciona como um serviço, mas eu gostei mais do VMWare Server 2.0. Há também a caixa virtual da Sun (Free), mas é menos madura do que qualquer uma delas.
O jogo da VMWare é virtualização, e é por isso que eu ficaria com eles para produção. Por enquanto, de qualquer maneira.
Depois de configurar o sistema operacional do servidor virtual, configure seu acesso remoto como faria normalmente (há uma janela de console que você pode usar para a instalação). Então, basta acessá-lo como qualquer outro servidor.