Existem algumas respostas bastante boas neste pergunta
Como evitar ataques DDoS em servidores Windows / IIS?
Existem algumas respostas bastante boas neste pergunta
Eu costumo instalar um firewall na frente dele com um limite no número de pacotes SYN por segundo.
Eu entendo o que eu escrevo aqui não é uma solução para você. Mas, eu sugiro que você olhe para esses pontos enquanto seleciona uma solução de proteção Distributed DoS.
Um DDoS é tipicamente um problema difícil. Você tende a limitar o serviço de alguma forma enquanto protege o servidor e acaba com uma negação de serviço de qualquer maneira.
Se houvesse um DoS distribuído que atingisse seu servidor em (digamos) 100 solicitações por segundo (uma figura muito conservadora) e seu servidor normalmente via cerca de 10 solicitações válidas por segundo. Se você limitar as solicitações de alguma forma, é provável que as solicitações válidas sejam bloqueadas no processo, fazendo com que você faça parte da operação DoS distribuída.
Uma solução melhor seria configurar uma faixa de número de solicitações por origem ou melhor, uma sub-rede de origem e começar a bloquear ou limitar as origens que cruzam alguns limites.
Se o DDos atingir seu servidor, é tarde demais. Você tem que colocar uma proteção na frente do seu servidor. Como mencionado, muitos firewalls possuem proteções internas contra DDos. Para uma solução mais barata, você pode colocar uma caixa Linux ou BSD na frente do seu computador com uma distribuição especializada. Confira esta página para algumas dessas distribuições
Talvez o seguinte software ajude você: link
Mas a proteção de hardware é mais eficaz, eu acho.