Esta configuração fará o que você quiser:
server {
listen 80:
server_name example.com;
return 301 https://$server_name/subdirectory;
}
server {
listen 443;
server_name example.com;
location = / {
return 301 https://$server_name/subdirectory;
}
}
Os especificadores = /
significam uma correspondência completa, portanto, corresponde apenas ao URI raiz exato do servidor virtual.