Parece que você tem request_slowlog_timeout
ativado. Isso normalmente leva qualquer pedido por mais de N segundos, registra que ele estava demorando e registra um rastreio de pilha do script para que você possa ver o que estava demorando tanto.
No seu caso, o rastreamento de pilha (para determinar o que o script está fazendo) está falhando. Se você está ficando sem processos, é porque:
- Após o php-fpm parar o processo para rastreá-lo, o processo não é retomado devido ao erro de rastreamento
- O processo está sendo retomado, mas continua sendo executado para sempre.
Meu primeiro palpite seria desabilitar request_slowlog_timeout. Desde que não está funcionando direito, pode estar fazendo mais mal do que bem. Se isso não corrigir o problema de ficar sem processos, defina o php.ini max_execution_time
como algo que irá matar o script com certeza.