Se você está procurando uma ferramenta de backup, você deve usar o software de backup - o Chef é uma ferramenta de gerenciamento de configuração, que o aborda de uma perspectiva diferente.
Usando o gerenciamento de configuração, as configurações são armazenadas na ferramenta e enviadas para os servidores. Jogue um servidor na lixeira e coloque um novo com o mesmo nome, e ele deve ter suas configurações enviadas para ele. Mas isso não vai cuidar dos arquivos de dados.
Usando o software de backup, os dados dos servidores são copiados para fita ou outro armazenamento. Servidor morre, você coloca um novo e executa uma restauração - ideal de tudo. Além disso, o software de backup é otimizado para backups (aguarde ...). Gerenciamento de fita / mídia, streaming para múltiplos dispositivos / bibliotecas, etc - você tem certeza que quer tentar reinventar essa roda usando uma ferramenta feita para outra coisa?
Agora, seu título menciona muitas coisas. O AD faz parte do estado do sistema de cada controlador de domínio de um determinado domínio. Fazer backup do estado do sistema, você tem AD dentro dele. Por causa da natureza multi-master do AD, você precisa ter cuidado com a restauração de DCs com o software de backup normal, no que diz respeito a lápides e restaurações autoritativas.
DHCP - a configuração do servidor é armazenada no registro (normalmente, o backup é feito no estado do sistema) e a configuração dos escopos é armazenada regularmente no sistema de arquivos. Então, você gostaria de obter os dois.
O DNS, se estiver integrado ao AD, também faz parte do estado do sistema. Se são zonas padrão, então devem ser apenas arquivos de texto no sistema operacional.
O IIS 6 e o anterior usavam a metabase para armazenar as configurações; Não tenho certeza do que o 7.x está usando no topo da minha cabeça. Mas isso é apenas as configurações - você normalmente quer os arquivos sob os sites e os VirDirs também.
Exchange - Não tenho certeza de que a "configuração" para troca é armazenada separadamente de um backup do Exchange como um todo, o que você deve fazer absolutamente. Seus usuários não ficarão muito felizes se seu servidor de e-mails falhar, e você não conseguir trazer as caixas de correio de volta, mas poupou uma hora configurando seu servidor substituto porque você tinha a configuração salva.