CIFS / Samba e NFS são protocolos profundamente diferentes com diferentes implementações. É claro que pode haver razões para preferir o CIFS ao NFS em certos cenários, às vezes até sem considerações de desempenho (o CIFS oferece suporte a caching mais inteligente por meio do uso de oplocks, enquanto o NFS não possui esse mecanismo). As razões para preferir o Samba à implementação do NFS em um ambiente Linux puro obviamente precisariam ser cuidadosamente ponderadas, mas podem ser válidas mesmo assim.
Para o uso geral, gostaria de citar a conclusão de um artigo de um dos membros da equipe do Samba , que também oferece muitas informações comparando esses dois protocolos:
With current Linux kernels, NFS version 4 and CIFS (cifs client/Samba server) are good choices for network file systems for Linux to Linux. NFS performance for large file copy workloads is better, and NFS offers some security options that the Linux cifs client does not. In heterogeneous environments that include Windows clients and servers, Samba is often much easier to configure.