Você não deve substituir o sistema perl; isso definitivamente levará a problemas com qualquer pacote de sistema instalado que supõe que você tenha uma versão Perl diferente da que o sistema possui. Então, se você precisa ter um perl 5.6.x, então você deve instalar um ao lado do sistema perl. Você pode usar ferramentas como Perlbrew para isso.
Observe também que normalmente você não precisaria de uma versão específica do perl; scripts que rodam em 5.6 normalmente rodariam em 5.8 sem problemas também. Não é como o Python a esse respeito.