Tudo o que você precisa fazer é adicionar um registro A para 'mysite.com' no seu servidor de nomes que aponte para o endereço IP público do seu servidor web. Você tem que fazer isso no mesmo lugar onde você definiu o endereço IP para o subdomínio www.
Se 'mysite.com' estiver apontando para algum lugar fora de seu controle, não há como você fazer nada útil com o .htaccess, antes de adicionar / alterar o registro A no servidor de nomes.
ATUALIZAÇÃO:
Além de sua edição, parece que seus registros DNS estão bem, e ambos estão funcionando. Se você modificou recentemente seus servidores de nomes, eles podem levar algumas horas para funcionar corretamente devido ao armazenamento em cache do DNS.