O controle de versão é um ótimo recurso, e deve ser absolutamente usado, se possível. Ter o controle de versão ativado (e o uso de chaves de acesso aprovisionadas adequadamente) pode salvá-lo de todos os tipos de problemas.
Mas.
O controle de versão não protege você;
- Perda de controle da sua conta da AWS,
- Tempo de inatividade de S3 ou corrupção generalizada,
- Outros problemas semelhantes ao tipo de ato de deus.
Você precisa ter backups de seus dados fora do S3, mesmo que seja um disco rígido externo em que você execute $ aws s3 sync
algumas vezes ao dia. Ter um backup de último recurso é muito simples de fazer e é muito barato.