Lembre-se que além dos crontabs do usuário, há também um arquivo crontab do sistema, o diretório cron.d e os diretórios cron.hourly, cron.daily e cron.weekly. Estes são provavelmente os culpados se você instalou o software de um pacote.
Especificamente quando olho para o pacote debug certbot, vejo um arquivo /etc/cron.d/certbot. Se você instalou o certbot de um pacote, então suspeito que esse seja o seu culpado.