Tudo bem, então acho que descobri isso! E a correção foi alterar no httpd.conf a seguinte diretiva:
LogLevel warn
novo valor:
LogLevel info
Aparentemente, alguma significância dos logs de erro foi alterada no Apache 2.4.9, portanto, os logs de erro, como 404, estão no nível de informações agora, conforme documentado aqui: link