O banco de dados (sqlite) usado pelo pkg (ng) está corrompido.
Você deve conseguir restaurar o arquivo pkg db usando seu backup diário:
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dê uma olhada em
/var/backups/
# ls -lrt /var/backups/pkg* -rw-r--r-- 1 root wheel 16462211 May 3 03:01 pkgdb.bak.tbz -rw-r--r-- 1 root wheel 16462853 Apr 16 03:01 pkgdb.bak.tbz.2 -rw-r--r-- 1 root wheel 17824768 May 3 03:02 pkgng.db
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afaste seu arquivo db corrompido (você pode removê-lo depois):
# mv /var/db/pkg/local.sqlite /var/db/pkg/local.sqlite.corrupted
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use o backup mais recente para restaurar seu arquivo pkg db:
# pkg backup -r /var/backups/pkgng.db