O ADFS é uma função que você pode instalar usando o gerenciador de servidor ou o cmdlet powershell. Não é necessário usar o instalador externo para adicionar esse recurso a um Windows Server 2012. O cmdlet powershel correto é:
Add-WindowsFeature ADFS-Federation
Afaik você não pode fazer o downgrade ou escolher qual versão instalar, pois ele instalará a versão mais recente automaticamente, que nesse caso é 3.0 no Windows Server 2012 R2 e 2.1 no Windows Server 2012.