O RRDTool (a partir da versão 1.4) não permite que você tenha escalas diferentes no eixo Y acima e abaixo.
O que você permite fazer é criar um eixo Y secundário com um argumento de deslocamento de escala. No entanto, os itens ainda são plotados de acordo com o eixo Y primário, portanto, você mesmo precisa realizar os cálculos necessários. O parâmetro necessário é - right-axis.